Il microbioma rappresenta l’espressione genica di tutti i batteri che vivono in simbiosi con l’uomo ed è stato pertanto definito il secondo genoma umano. Molti si chiedono quali siano le differenze tra questi due corredi genetici. La risposta è semplice; mentre il genoma che è legato ai cromosomi dell’individuo è unico e immodificabile, il microbioma che dipende dai batteri che popolano il corpo umano (e che possono cambiare in tempi brevi) é vario e facilmente modificabile. E’ infatti sufficiente che si modifichino le popolazioni batteriche per far sì che anche il microbioma cambi di conseguenza.

Inoltre, trattandosi di genetica batterica, il microbioma può essere facilmente “trapiantato” da un individuo ad un altro e perfino da una specie ad un’altra in quanto il trapianto di microbioma non suscita nel ricevente alcuna reazione immunitaria diretta contro il trapianto. Il motivo di questa inerzia immunitaria nei confronti dei trapianti di microbioma nasce dal fatto che i batteri che popolano l’intestino sono più o meno simili per tutte le specie animali che condividono l’habitat terrestre e pertanto (finchè non entrano nel circolo sanguigno) non vengono ritenuti pericolosi da parte del sistema immunitario dell’ospite.

Questo spiega come mai in letteratura vi siano tanti studi che descrivono trapianti di microbioma umano nei topi, o trapianti di microbioma umano tra individui non consanguinei, senza che questo produca alcun effetto negativo dal punto di vista della reazione immunitaria. Quando si parla di microbioma, infatti possiamo dire che uomini e topi sono quasi uguali.